レット・アンジェルマン症候群NGSパネル遺伝子検査｜ミネルバクリニック

ARX, ATRX, CAV1, CDKL5, CNTNAP2, DYNC1H1, EHMT1, FOXG1, IQSEC2, KANSL1, MBD5, MECP2, MED17, MEF2C, NRXN1, NTNG1, OPHN1, PCDH19, ROGDI, SATB2, SCN8A, SHANK3, SLC2A1, SLC9A6, STXBP1, TCF4, TRAPPC9, UBE3A, WDR45, ZEB2 ( 30遺伝子 )

各遺伝子の詳細：

・MECP2遺伝子：
メチルCpG結合タンパク質2をコードする遺伝子。典型的なレット症候群の約95%の原因となります。X染色体Xq28領域に位置し、DNAメチル化部位に結合して遺伝子発現を調節します。現在利用可能な技術（NGSおよびqPCR）では、MECP2遺伝子のエキソン1の単一エキソン欠失/重複の検出には対応していません。

・CDKL5遺伝子：
サイクリン依存性キナーゼ様5をコードする遺伝子。早期発症型で重度のてんかんを伴う非典型的なレット症候群（CDKL5欠損症）の原因となります。X染色体Xp22.13領域に位置します。

・FOXG1遺伝子：
フォークヘッドボックスG1転写因子をコードする遺伝子。先天性小頭症や脳梁異常を伴う非典型的なレット症候群の原因となります。14番染色体14q12領域に位置します。

・UBE3A遺伝子：
ユビキチンリガーゼE3Aをコードする遺伝子。アンジェルマン症候群の主要原因遺伝子です。15番染色体15q11.2領域に位置し、インプリンティング遺伝子として神経細胞では母親由来のコピーのみが発現します。タンパク質分解に関与し、シナプス可塑性に重要な役割を果たします。

・ARX遺伝子：
Aristaless関連ホメオボックスをコードする遺伝子。早期乳児てんかん性脳症、知的障害、脳の奇形などを引き起こします。X連鎖遺伝形式をとります。

・ATRX遺伝子：
ATRXクロマチンリモデラーをコードする遺伝子。ATRX症候群（重度の知的障害、発達遅滞、特徴的な顔貌）の原因となります。X連鎖遺伝形式をとります。

・CAV1遺伝子：
カベオリン1をコードする遺伝子。肺疾患や神経発達障害に関連します。

・CNTNAP2遺伝子：
コンタクチン関連タンパク質2をコードする遺伝子。自閉スペクトラム症、てんかん、言語障害などに関連します。

・DYNC1H1遺伝子：
ダイニン細胞質重鎖1をコードする遺伝子。運動ニューロン疾患、知的障害などを引き起こします。

・EHMT1遺伝子：
ユークロマティンヒストンメチルトランスフェラーゼ1をコードする遺伝子。Kleefstra症候群（知的障害、特徴的な顔貌）の原因となります。

・IQSEC2遺伝子：
IQモチーフとSecドメインを含むタンパク質2をコードする遺伝子。X連鎖性知的障害、てんかんなどを引き起こします。

・KANSL1遺伝子：
KAT8調節NSLコンプレックスサブユニット1をコードする遺伝子。Koolen-de Vries症候群（発達遅滞、知的障害、特徴的な顔貌）の原因となります。

・MBD5遺伝子：
メチルCpG結合ドメインタンパク質5をコードする遺伝子。2q23.1欠失症候群（知的障害、てんかん、自閉症様症状）に関連します。

・MED17遺伝子：
メディエーター複合体サブユニット17をコードする遺伝子。知的障害、脳症などを引き起こします。

・MEF2C遺伝子：
ミオサイト増強因子2Cをコードする遺伝子。MEF2C欠失症候群（重度の知的障害、てんかん、自閉症様症状）の原因となります。

・NRXN1遺伝子：
ニューレキシン1をコードする遺伝子。自閉スペクトラム症、統合失調症、知的障害などに関連します。シナプス形成と機能に重要です。

・NTNG1遺伝子：
ネトリンG1をコードする遺伝子。神経発達障害、知的障害などに関連します。

・OPHN1遺伝子：
オリゴフレニン1をコードする遺伝子。X連鎖性知的障害の原因となります。

・PCDH19遺伝子：
プロトカドヘリン19をコードする遺伝子。女性限定てんかんおよび知的障害症候群（EFMR）の原因となります。X連鎖遺伝ですが、主に女性が発症します。

・ROGDI遺伝子：
ROGDIホモログをコードする遺伝子。Kohlschütter-Tönz症候群（てんかん、知的障害、エナメル質形成不全）の原因となります。

・SATB2遺伝子：
SATB相同ボックス2をコードする遺伝子。SATB2関連症候群（重度の言語障害、知的障害、特徴的な顔貌）の原因となります。

・SCN8A遺伝子：
電位依存性ナトリウムチャネルαサブユニット8をコードする遺伝子。早期乳児てんかん性脳症、知的障害などを引き起こします。

・SHANK3遺伝子：
SHアンカリングおよびアンキリン反復ドメイン含有タンパク質3をコードする遺伝子。Phelan-McDermid症候群（重度の言語障害、知的障害、自閉症様症状）の原因となります。

・SLC2A1遺伝子：
グルコーストランスポーター1をコードする遺伝子。GLUT1欠損症候群（てんかん、発達遅滞、運動障害）の原因となります。

・SLC9A6遺伝子：
ナトリウム/水素交換体6をコードする遺伝子。X連鎖性知的障害、自閉症様症状、てんかんなどを引き起こします。

・STXBP1遺伝子：
シンタキシン結合タンパク質1をコードする遺伝子。早期乳児てんかん性脳症、知的障害などを引き起こします。シナプス小胞の神経伝達物質放出に関与します。

・TCF4遺伝子：
転写因子4をコードする遺伝子。Pitt-Hopkins症候群（重度の知的障害、特徴的な顔貌、てんかん）の原因となります。

・TRAPPC9遺伝子：
輸送タンパク質粒子複合体サブユニット9をコードする遺伝子。常染色体劣性知的障害、小頭症などを引き起こします。

・WDR45遺伝子：
WD反復ドメイン45をコードする遺伝子。BPAN（beta-propeller protein-associated neurodegeneration：脳内鉄蓄積を伴う神経変性疾患）の原因となります。X連鎖遺伝形式をとります。

・ZEB2遺伝子：
亜鉛フィンガーEボックス結合ホメオボックス2をコードする遺伝子。Mowat-Wilson症候群（重度の知的障害、てんかん、特徴的な顔貌、ヒルシュスプルング病）の原因となります。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

MECP2遺伝子に関する特記事項：現在利用可能な技術（NGSおよびqPCR）では、MECP2遺伝子のエキソン1の単一エキソン欠失/重複の検出には対応していません。

※この検査パネルでは、30の原因遺伝子のみを対象としています。レット症候群の約5～10%、アンジェルマン症候群の約10%では、既知の遺伝子に変異が見つかりません。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。